در میکروبیولوژی آب، ریزاندامگانها (میکروارگانیسمها) و فعالیت آنها در آبهای طبیعی نظیر دریاچهها، برکهها، رودخانهها و دریاها مورد مطالعه قرار میگیرد. و میکروارگانیسمهای مفید و مضر برای انسان و سایر جانداران شناسایی میشوند.
میکروبیولوژی مواد غذایی

میکروارگانیسمها تغییرات مطلوب و نامطلوب در مواد غذایی پدید میآورند. و از طرف دیگر تهیه بسیاری از فراوردههای غذایی بدون کمک میکروارگانیسم ها، امکانپذیر نیست. مانند کلم شور، زیتون رسیده و پنیر. اسیدهای حاصل توسط میکروارگانیسمها و اضافه کردن آنها به مواد غذیی مانند خیار شور آنها را از گزند میکروارگانیسمهای نامطلوب حفظ میکند. این بخش از میکروبیولوژی، امروزه کاربرد زیادی دارد.
عوامل ضد میکروبی

مواد دارویی موادی هستند که برای درمان بیماریهای عفونی یا جلوگیری از وقوع بیماری بکار میروند. این مواد معمولاً از باکتریها و قارچها بدست میآیند و اخیراً برخی از آنها را در کارخانجات میسازند. از مواد شیمیایی هنگامی میتوان برای درمان بیماریهای عفونی استفاده کرد که دارای اثر سمی انتخابی باشند. یعنی ضمن متوقف کردن رشد یا نابودی عامل مولد بیماری، به سلول میزبان آسیبی نرسانند. علاوه بر سمیت انتخابی، داروها باید بتوانند به داخل بافتها و سلولهای میزبان نفوذ کننده و تغییری در مکانیزم دفاعی طبیعی میزبان بوجود نیاورند. از عوامل ضد میکروبی میتوان به آنتی بیوتیکها اشاره کرد.

ارتباط میکروبیولوژی با سایر علوم میکروبیولوژی یک علم کاربردی است که با بسیاری از شاخههای علوم رابطه نزدیک دارد. از جمله میتوان به ژنتیک، پزشکی، زیستشناسی سلولی، انگل شناسی، قارچشناسی پزشکی و بیوشیمی،گیاهپزشکی اشاره کرد.

میکروبیولوژی فاضلاب
میکروبیولوژی خاک

خاک یکی از مکانهای عمده ریزاندامگانها (میکروارگانیسمها) محسوب می*شود. فراوانترین ریزاندامگان در خاک، باکتریها هستند. خاک باغچه در هر گرم محتوی میلیونها باکتری است. در جاهای عمیق تعداد آنها کاهش می*یابد. قارچها به تعداد کمتر از باکتریها در خاک یافت می*شوند. شاید مهم*ترین نقش میکروارگانیسمهای خاک، شرکت آنها در چرخه*های بیو- ژئوشیمیایی است که به گردش برخی عناصر شیمیایی در طبیعت کمک کرده و آنها را قابل مصرف می*سازد. میکروبیولوژیستها در این زمینه تحقیقات زیادی انجام داده*اند. خاک دارای باکتری*های تثبیت کنندهً ازت می*باشد که از جمله می*توان به ازتوباکتر و نیتروزموناس اشاره کرد. خاک همچنین حاوی میکروبهای بیماریزا است که عامل بیماری کزاز یعنی کلستریدیوم تتانی یکی از آنهاست
.سونات